Der Syllabus beginnt mit dem Versuch, die "Wissenschaften in ihrem gegenwärtigen Zustand als Unternehmungen von Gruppen lebender Menschen" (PLZ, p. 39) darzustellen. Peirce stellt also von Anfang an klar, dass mit seinem Entwurf kein Universalitätsanspruch erhoben wird. Seit dem frühen 20. Jahrhundert haben "die Wissenschaften" einen enormen Fortschritt oder Wandel erfahren, heute würde ein Klassifikationsversuch (wenn er überhaupt sinnvoll möglich wäre) vollkommen anders aussehen.

Es geht aber im Grunde um etwas wesentlicheres Anderes, um eine elementare Struktur, um etwas Gleichbleibendes im Wandel der konkreten Phänomene und dem Versuch, diese zu verstehen.

Dieses wesentliche Element der Klassifizierung lehnt sich an die Konzeption der Comteschen Klassifikation an, wie Peirce ausführt: "nämlich die Auffassung, nach der eine Wissenschaft in ihren grundlegenden Prinzipien von einer anderen Wissenschaft abhängt, jedoch dieser keine solcher Prinzipien vorgibt" (ibid.) Absolut grundlegend dabei ist eine trichotomische Struktur (in den meisten Fällen jedenfalls):

"Dabei bezieht sich das erste der drei Glieder auf die universellen Elemente oder Gesetze, das zweite gruppiert Klassen von Formen und sucht sie universalen Gesetzen unterzuordnen, das dritte geht bis in die entferntesten Details, indem es individuelle Phänomene beschreibt und sich bemüht, diese zu erklären. Doch sind nicht alle Unterteilungen von dieser Art" (ibid.)

Peirce stellt diese Dreiteilung allgemein folgendermaßen auf: "Alle Wissenschaft ist entweder A. Entdeckende Wissenschaft; B. Überprüfende Wissenschaft oder C. Praktische Wissenschaft" (ibid.)

Unter überprüfender Wissenschaft (B.) versteht Peirce die ordnende Tätigkeit, "die Resultate des Entdeckens anzuordnen", einen Überblick zu geben, sowie eine Wissenschaftstheorie zu formulieren. An Beispielen nennt Peirce Humboldts Kosmos, Comtes "Philosophie positive" und Spencers "Synthetic Philosophy". Aber auch seine eigene Unternehmung hat hier ihren Platz: "Die Klassifikation der Wissenschaften [Anm,: Und damit eben das ganze erste Kapitel des Syllabus] gehört in diese Abteilung" (ibid.)